企業(yè)和要素層面的原因
第三方物流公司開展不足。許多出產流轉企業(yè)"大而全"、"小而全"，具有自己的物流設備。第三方物流公司水平不高，專業(yè)化、精細化、體系化服務水平低，特別缺少一攬子服務才能。
南京物流公司規(guī)模小，小散弱，彼此缺少協(xié)作。以公路貨運企業(yè)為例，掛號注冊的78.9萬家企業(yè)，每家平均具有車輛只要2.5輛；近萬家快遞企業(yè)，僅少數企業(yè)規(guī)模過百億。物流企業(yè)之間缺少有用的協(xié)作與整合，難以優(yōu)勢互補及發(fā)揮規(guī)模經濟、范圍經濟與網絡經濟效應。
南京物流公司的物流裝備、技術、管理、組織、人員、信息等有待提高。大都物流企業(yè)規(guī)模小、實力弱，無力進行大規(guī)模、高水平的技術裝備更新和改造，物流作業(yè)自動化水平較低。在轉移、點貨、包裝、分揀、訂單及數據處理等環(huán)節(jié)，手工操作方式仍占主導，差錯率高、功率低。企業(yè)管理粗放，組織結構缺少靈活性。從業(yè)人員素質不高，不遵守操作流程，粗野分揀等，造成了很多的丟失。企業(yè)對信息化注重不行，企業(yè)信息化水平不高，缺少體系的IT信息解決方案，難以快速定制解決方案，確保訂單履約的準確性，滿意客戶的個性化需求。
生產要素價格持續(xù)上漲，推動了南京物流公司升高。近些年，物流從業(yè)人員薪酬上升較快，對勞動密集型的物流企業(yè)影響較大。一起土地、房租在一些大中城市上漲很快，給企業(yè)帶來很大壓力。
體制和政策層面的原因
南京物流公司市場體系尚不完善。一致開放、公平競爭、規(guī)范有序的物流市場體系沒有構成，商場切割、壟斷行為、誠信缺失等問題杰出。地區(qū)間行政切割，缺少統(tǒng)籌規(guī)劃，尚不能構成開展合力，物流、快遞、配送車輛等要素難以自由流動。
物流管理體系尚不完善。物流活動跨部分、跨地區(qū)、跨行業(yè)特色要求實施"大物流"管理體系，現在中心層面，物流業(yè)管理涉及開展變革、商務、交通、鐵路、民航、工信、公安、財務、海關、工商、稅務、質檢、規(guī)范等部分，雖各司其職，但缺少和諧，難以構成開展合力，對資源整合與一體化運作構成體系性障礙。當地層面，南京物流公司管理體系更是不同很大。
稅收方面，交稅環(huán)節(jié)多，運送、配送、倉儲等范疇重復征稅，物流各環(huán)節(jié)營業(yè)稅稅率不一致，這些加劇了南京物流公司稅收負擔，不利于物流一體化運作和資源整合。
交通方面，收費公路準則有待完善，收費公路價格、站點還有很大優(yōu)化空間。各地"分期限行、限制卡車進城、大幅提高停車費"城市交通管控措施，也增加了南京物流公司運送本錢。
海關方面，現行物流轉關和查驗檢疫的手續(xù)較為雜亂，通關時效性有待提高。
